Le point culminant du massif est le djebel Toubkal culminant à 4 167 m d'altitude dans le Haut Atlas marocain. Le relief s'abaisse progressivement en direction de l'est.

Le Moyen Atlas est le plus septentrional des massifs atlasiques du Maroc. Il est limité au nord par le fleuve Sebou, qui le sépare du Rif, et au sud par la Moulouya et l'Oum Errabiaa. Il est constitué de reliefs généralement arrondis séparés par des plateaux fertiles.

Plus au sud, le Haut Atlas est le plus haut et le plus accidentés des massifs de l'Atlas. Il s'étend de la côte atlantique à la frontière algéro-marocaine. À son extrémité sud-ouest, il plonge de façon relativement abrupte vers la plaine côtière alors que sa bordure septentrionale descend plus doucement vers Marrakech. La vallée de l'Ourika se trouve au nord du massif. Au sud, le massif est coupé au niveau de Ouarzazate par la vallée du Drâa qui forme des bassins d'eau douce.

L'Anti-Atlas est le plus méridional des massifs atlasiques. Il s'agit d'un vieux massif érodé et désertique en bordure du Sahara. Il se prolonge à l'est jusqu'au djebel Saghro qui forme une transition avec le Haut Atlas.

En Algérie, l'Atlas est formé de deux longues chaînes montagneuses parallèle, d'ouest en est, séparées par de hauts plateaux entre 900 et 1 200 mètres d'altitude et de vastes dépressions (sebkha) généralement occupées par des lacs salés (chott).

Au nord, le long de la Méditerranée, l'Atlas tellien s'étire sur 1 500 kilomètres, de la frontière marocaine où il prolonge le Moyen Atlas à la frontière tunisienne.

Au sud, dans le prolongement du Haut Atlas, l'Atlas saharien forme un rempart à plus de 2 000 mètres d'altitude face au désert . Bien qu'arides, les montagnes sont plus fertiles que les hauts plateaux salés au nord et le Sahara au sud. Cette chaîne montagneuse est prolongée à l'est par les Aurès, qui culminent à 2 328 mètres d'altitude au djebel Chélia, puis jusqu'en Tunisie par la dorsale tunisienne.